神之謎題是以解謎為題材的原創動畫，舞臺是私立學院學員高等部，主人公是對謎題十分著迷並自信逢謎必破的高一學生大門有一天，他受到學生會長邀請，同青梅竹馬少女野葉一起前往學校附近的遺跡解“不能解開之謎”，原來這是一個由神秘智能集團制造出的能危機人類生命的“賢者之謎”。可是熱愛解謎的大門硬要作出挑戰，在得到某件“物件”之後，大門即被點名成為所謂的“解答者”。從此，他就與野葉和其他充滿個性的解答者一起挑戰潛藏於世界各地的“賢者之謎”。