在虛構紀元宇宙世紀中，第二次新吉翁戰爭之後，為了對抗地球聯邦內部不斷深化的腐敗現象，繼承了阿姆羅·雷和夏亞·阿茲納布爾二人思想的青年哈薩威·諾亞決定帶領反地球聯邦政府組織「馬法堤」向地球聯邦舉起反抗的旗幟。在之後的行動中，哈薩威與聯邦軍上校堅尼斯·斯萊格以及神秘的少女琪琪·安達露西亞相遇，使得三人的人生都發生了巨大的變化。