一場突如其來的神秘爆炸摧毀了X學院，X教授與Jean Gray失蹤。鐳射眼因此而意志消沉，領隊的責任落在了野性的金剛狼的肩上。除了萬磁王等一幹強大敵人，金剛狼的過去也如幽魂般困擾著他。20年後，X教授從昏迷中醒來，看到的是一幅末日景象：巨大的機器人統治了世界，人類與變種人都瀕臨滅絕。X教授借助腦波機向現代的X戰警傳達指示：改變未來，拯救世界！